¿Cumplió la Iglesia su misión? Krebs lo afirma rotundamente, no obstante las dificultades y falencias del catolicismo es ese siglo.
Desvanece así la acerba crítica del siglo XIX, principalmente del liberalismo extremo anticatólico, que definió al catolicismo como una entidad retardataria y obsoleta, al mostrar no solo su acción evangelizadora y educadora, sino que también la activa participación del clero en los complejos procesos de la Independencia, negado por el liberalismo.
Queda en claro la acción social, notable, de órdenes religiosas en medio de los indígenas, como también del clero que organizó a un laicado piadoso agrupado en sociedades y cofradías.
Ante la crítica que cuestionaba la institución divina de la Iglesia, esta reaccionó y se organizó, bajo pontificados de Pío IX (1840-1878) y León XIII tomando las medidas para enfrentar un mundo cada vez más secularizado. Tal como en Europa, nacía el ultramontanismo.
Respecto del proceso de la Independencia, Krebs señala las tremendas tensiones que ella originaran, dividiendo a familias y organizaciones religiosas, como a toda la sociedad, que vivía en medio de una cultura escolástica, que se enfrentaba contra una Ilustración, por pocos seguida en América Latina, y los que lo fueron, fueron cristianos.
Se rompió con España, pero no con la Iglesia, aunque esta hubo de contar con grandes pérdidas económicas y bajas sacerdotales en el proceso de separación.
La desorganización que para la Iglesia significó la Independencia; la participación de figuras señeras en política (por otra parte algo normal en el sistema patronatista español), le trajo problemas que hicieron que bajase el impulso misionero y el servicio al pueblo, durante la primera mitad del siglo XIX.
La tendencia de revirtió en la segunda parte del siglo, y en todo él, el catolicismo conservó su prestigio espiritual y social, no obstante las fallas incluso morales del clero.
El catolicismo continuó siendo un vínculo entre las diversas etnias de América Latina, como lo había sido en los siglos coloniales.