Se estudia la afinidad biológica entre grupos prehistóricos de la costa y del valle de Azapa (Norte de Chile). La muestra está constituida por 245 cráneos pertenecientes a diferentes períodos (Arcaico Tardío, Intermedio Temprano, Medio, Intermedio Tardío y Tardío) del desarrollo de la población. Empleando caracteres continuos y aplicando diferentes técnicas de análisis multivariado (distancias biológicas, análisis discriminante canónico y técnicas de agrupamientos) se evaluaron las relaciones biológicas entre muestras de las fases Chinchorro, Alto Ramírez, El Laucho, Tiwanaku, Maytas, Cabuza, Gentilar, San Miguel e Inca. Los resultados muestran una evidente diferenciación entre los grupos que vivían en la costa y en el valle. En las fases finales se observa una mayor integración entre ambas áreas, aunque la diferencia entre ellas permanece. Se interpreta la historia del poblamiento nativo de Arica como el resultado de por lo menos dos eventos colonizadores principales: uno vinculado con el establecimiento de grupos pescadores costeros y otro con el afincamiento y desarrollo de grupos pastores y agricultores que alcanzan un indudable predominio hasta épocas tardías. Ambos grupos tienen un origen genético común en una población arcaica ancestral y se diferenciaron gradualmente en ambientes diferentes por la acción de factores evolutivos (sistemáticos y aleatorios) y culturales, los cuales continuaron operando en el nuevo escenario.